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2009年，三峽大學整合水利、土木、生態(tài)學等優(yōu)勢學科資源，申報獲批三峽庫區(qū)生態(tài)環(huán)境教育部工程研究中心，并于2013年通過教育部驗收。

中心立足三峽庫區(qū)，輻射全國水利水電工程。建立了2個省級國際科研平臺；加入了5個關(guān)于長江大保護的國家級、省部級平臺，為“長江經(jīng)濟帶”、“長江大保護”和水庫高效運行提供科技支撐。形成了三峽庫區(qū)水污染控制與水華應急技術(shù)、三峽庫區(qū)庫岸防護與生態(tài)恢復技術(shù)和工程影響魚類保護與過壩技術(shù)3個特色方向，具有較強的團隊攻關(guān)能力和解決工程影響的生態(tài)環(huán)境問題能力。建成特色鮮明、國際上有影響、國內(nèi)一流的水利水電影響下的生態(tài)環(huán)境工程研究中心。三峽庫區(qū)生態(tài)環(huán)境教育部工程研究中心以持續(xù)改善長江生態(tài)環(huán)境為目標，聚焦三峽水庫支流庫灣富營養(yǎng)化和水華問題、水庫消落帶生態(tài)恢復問題和大壩阻斷魚類洄游通道等突出環(huán)境問題，持續(xù)對長江大保護修復攻堅戰(zhàn)提供決策支持。